Em 1990, na intenção de implementar em nível local as determinações emanadas da Assembléia Geral das Nações Unidas, em favor da promoção de maior responsabilidade dos Governos sobre a execução e controle dos projetos de cooperação técnica internacional, desenvolvidos entre os países em desenvolvimento e os Fundos, Programas e Agências do Sistema das Nações Unidas (política consolidada na expressão "Execução Nacional"), o Governo brasileiro, por intermédio da ABC, negociou com o PNUD a aprovação de um projeto que teve por objetivo criar as bases de operacionalização do conceito de "Execução Nacional" neste país. A partir daquele ano passou a operar, portanto, a "Execução Nacional de Projetos".

A Execução Nacional tem como mandato principal incorporar a metodologia do PNUD no campo da administração e gerenciamento de projetos de cooperação internacional, originariamente restrito ao Programa Brasil-PNUD.

Seu trabalho está sendo estendido, gradativamente, a outras instituições das Nações Unidas, tais como, FAO, OMM, UNDCP, UNICEF e UNIFEM. Atualmente, a Execução Nacional está gerindo, também, projetos financiados pela União Européia e OEA. Para o exercício de suas atribuições, a Unidade está totalmente informatizada, funcionando em Rede, por meio de sistemas integrados, online, aos projetos e à Secretaria Federal de Controle, do Ministério da Fazenda - órgão do Governo que detém a competência de auditar e fiscalizar a aplicação de recursos financeiros externos.