A cooperação técnica Brasil-Alemanha é coordenada, do lado brasileiro, pelo Ministério das Relações Exteriores, por meio da Agência Brasileira de Cooperação, e a cooperação financeira pelo Ministério do Planejamento, Orçamento e Gestão, por meio da Secretaria de Assuntos Internacionais. Do lado alemão a cooperação é financiada pelo Ministério para Cooperação e Desenvolvimento Econômico (BMZ) e, desde 2008, conta com financiamento também pelo Ministério do Meio Ambiente, Conservação da Natureza e Segurança Nuclear (BMU), por meio da Iniciativa Internacional de Proteção do Clima (IKI).
O Programa de Cooperação Técnica da Alemanha no Brasil é conduzido pela Agência Alemã de Cooperação Internacional (GIZ), encarregada de executar os projetos negociados e aprovados regularmente por meio das Negociações Intergovernamentais sobre Cooperação Técnica e Financeira entre Brasil e Alemanha. As reuniões são realizadas bianualmente com o objetivo de revisar o programa da cooperação realizado pela Alemanha com o Brasil, considerar novas propostas nas áreas prioritárias e novos temas, bem como registrar alocação de novos recursos pelo lado alemão.
Áreas prioritárias: